โรงเรียนวัดบำเพ็ญเหนือ จัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 28  มีนาคม 2470  ณ วัดบางเพ็งใต้  ใช้ชื่อโรงเรียนว่า   “ โรงเรียนประชาบาลตำบลแสนแสบ 1  ( วัดบางเพ็งใต้ ) ”  ผู้ก่อตั้ง คือ “ นายเทียม  นิตยสมบูรณ์ กับพระอธิการพุ่ม  เจ้าอาวาสวัดบางเพ็งใต้ มีพระแพ  ศรีประดิษฐ์  เป็นครูใหญ่คนแรก 
วันที่  16  พฤษภาคม  2496  ได้ย้ายโรงเรียนข้ามคลองแสนแสบมาเรียนที่วัดบำเพ็ญเหนือ 
ปัจจุบันโรงเรียนวัดบำเพ็ญเหนือ   ตั้งอยู่เลขที่  26  หมู่ 14  ถนนเสรีไทย  แขวงมีนบุรี   เขตมีนบุรี  กรุงเทพมหานคร  มีพื้นที่ 13  ไร่  47  ตารางวา  เปิดทำการสอนระดับชั้นอนุบาล 1   ถึงชั้น ป. 6   มีนักเรียน 538  คน (ข้อมูล ณ วันที่  10  พฤศจิกายน  2568) โดยมีนายวิระ พนาลี ดำรงตำแหน่ง ผู้อำนวยการสถานศึกษา